L'IBM Watson assiste des médecins dans la recherche sur le cancer

Dr Robert Darnell (à gauche) du New York Genome Center et le Dr Ajay Royyuru (à droite) de l'IBM Research regardent comment utiliser Watson pour accélérer la composition de traitements contre certains cancers. Crédit IDG NS

Big Blue et le New York Genome Center font équipe pour trouver des traitements personnalisés aux maladies du cancer résultant de mutations génétiques spécifiques.

IBM va mettre la puissance de calcul de son superordinateur au service du cancer du cerveau. Dans ce domaine encore plein de mystères, Watson aura pour mission de rechercher des informations sur des mutations génétiques particulières. « Quand on fait le séquençage global des gènes d'un patient, on dispose d'une cartographie très complète sur les mutations génétiques de son génome. Il est essentiel de pouvoir traduire ces informations dans un langage intelligible pour un oncologue, afin qu'il puisse personnaliser le traitement », a déclaré Raminderpal Singh, directeur commercial médecine génomique, chez IBM Research. Dans le cadre de cette recherche, la mission de Watson sera d'aider les médecins du New York Genome Center à trouver, dans les bases de données génomiques et dans la littérature médicale, des références sur les mutations identifiées chez leurs patients. Le supercalculateur communiquera alors toute information d'intérêt au médecin. Les patients concernés par cette recherche sont ceux atteints de glioblastome, un cancer malin très agressif du cerveau qui tue chaque année plus de 13 000 personnes aux États-Unis. « Généralement, l'oncologue consulte la littérature médicale pour trouver le meilleur traitement disponible pour chacun de ses patients », a expliqué Raminderpal Singh. Le travail de Watson consistera ainsi à fournir des liens vers des documents médicaux potentiellement utiles au médecin.

Mettre en route un système de recherche automatique et en temps réel 

« Watson est un système de connaissance basé sur l'apprentissage, et ses tâches d'acquisition peuvent être automatisées », a déclaré le directeur commercial d'IBM Research. Les médecins téléchargeront la séquence du gène d'un patient dans le système hébergé dans le cloud d'IBM. Watson recherchera ensuite ces mutations dans les bases de données génomiques et dans la littérature médicale et remontera toute information pertinente. En fait, le logiciel chargé d'effectuer cette analyse est antérieur à Watson puisqu'il a été mis au point par le Computational Biology Center d'IBM Research pendant la dernière décennie. « Il est temps de mettre le système en mode automatique et de travailler en temps réel », a déclaré le directeur commercial.

Ce n'est pas la première fois qu'IBM met son supercalculateur au service de la recherche sur le cancer du cerveau. En 2012, le constructeur avait noué un partenariat avec le Memorial Sloan-Kettering Cancer Center de New York dans le but de développer un assistant informatique pour les oncologues. Ce travail est toujours en cours, mais IBM n'a pas voulu dire comment il progressait. Cependant, la compagnie d'assurance WellPoint a livré un logiciel commercial du nom d'Interactive Care Reviewer qui découle de ce projet. Celui-ci pourrait servir d'aide au diagnostic aux médecins affiliés à WellPoint.

Watson au service de la santé et des services à la clientèle

À l'origine, IBM Research avait développé Watson pour l'opposer à des concurrents humains au fameux jeu télévisé « Jeopardy ! » Ils avaient doté le supercalculateur de capacités de traitement du langage naturel et d'analyse des données structurées et non structurées. Depuis, Big Blue a décidé de vendre Watson et ses technologies à des industries spécifiques, notamment dans le secteur de la santé et les services à la clientèle. Pour l'instant, IBM n'a pas encore réussi à résoudre certains problèmes qui permettraient d'affecter Watson à des tâches plus importantes, en particulier la recherche homonymique et de désambiguïsation sémantique (Entity disambiguation and matching - EDM), qui permet de relier entre elles différentes descriptions avec une entité unique. Lors de la conférence Ontology Summit 2014 organisée à Arlington, Virginie, par la National Science Foundation, Chris Welty, l'un des développeurs d'IBM à l'origine de Watson a reconnu que « le logiciel médical de question-réponse de Watson n'était pas encore au point sur la technique EDM ».

Dans ce travail de recherche sur le cancer, le défi majeur auquel Watson est confronté est de trouver les bons articles en rapport avec la mutation spécifique d'un patient, avec des pistes sur la manière de corriger la mutation. « Vous comprendrez qu'en raison de la complexité des mutations, la recherche médicale offrira plus d'options spécifiques au patient », a déclaré Raminderpal Singh. Ce dernier estime qu'au fur et à mesure de ce travail, Watson, comme tout système fondé sur la connaissance, va tirer des leçons de son expérience et qu'il va apprendre à mieux sélectionner les informations. « Étant donné que nous sommes partenaires, nous saurons quels traitements médicamenteux ont été appliqués et quels effets ils ont eus sur les patients », a déclaré le directeur commercial d'IBM Research. Si bien que, selon lui, Watson va « continuellement gagner en précision ». Raminderpal Singh est très optimiste sur les capacités de son supercalculateur et prédit que l'apprentissage de Watson sera rapide. « Nous pensons que le déploiement commercial de cette solution pourra se faire dans quelques mois », a-t-il déclaré.

Le New York Genome Center est un centre de recherche en biomédecine et de soins cliniques à but non lucratif. Il est financé par un consortium réunissant des établissements de santé et universitaires comme le Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, la New York University et The Rockefeller University.